基因组分析
功能基因分析
知识图谱
特色数据库
病原基因组分析工具: 13 个
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有参拼接组装流程
有参拼接组装工具适用于细菌和病毒的基因组拼接组装， 主要使用BWA和Minimap进行reads拼接, 并用iVar进行组装，比对的参考基因组库共包括来自10401个细菌菌株的10600个基因组。同时允许用户自主上传病毒参考基因组来进行病毒基因组拼接组装。并通过QUAST进行基因组完整度评估，最后使用CGView进行完成基因组图绘制。
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病原物种鉴定
物种鉴定工具主要使用KRAKEN2、RNAmmer、BLASTn、Mash和FastANI对目标序列与参考库序列进行相似度比较，并给出最优比较结果，对病原细菌序列进行物种鉴定。
病原质粒基因组分析工具: 3 个
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细菌基因组质粒序列鉴定工具
本工具主要针对于细菌基因组进行质粒contigs识别，能够准确且快速地在片段化组装的细菌基因组中进行质粒contigs预测，有助于研究耐药基因的传播和细菌基因组的适应性进化。
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质粒注释工具
本工具主要针对于质粒序列进行基因组注释，能够准确且快速地鉴定质粒携带的耐药基因、毒力基因、重金属抗性基因、IS、OriT以及其他质粒特征，有助于研究耐药基因的传播和细菌基因组的适应性进化。
病原质粒基因组分析工具: 3 个
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细菌基因组质粒序列鉴定工具
本工具主要针对于细菌基因组进行质粒contigs识别，能够准确且快速地在片段化组装的细菌基因组中进行质粒contigs预测，有助于研究耐药基因的传播和细菌基因组的适应性进化。
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质粒注释工具
本工具主要针对于质粒序列进行基因组注释，能够准确且快速地鉴定质粒携带的耐药基因、毒力基因、重金属抗性基因、IS、OriT以及其他质粒特征，有助于研究耐药基因的传播和细菌基因组的适应性进化。
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